內鏡器械如今在診療工作中的的應用非常頻繁，自然種類也更多樣化，不同種類的器械清洗消毒工序也會有一些不同。近年來關于內鏡消毒滅菌工作不良導致的感染暴發時有發生，以消化內鏡來說，其使用頻率高、周轉快，再加上材質特殊、結構復雜、管腔多自然清洗難度也就大。內鏡清洗工作站雖然是專門針對內鏡清潔的系統，但各設備的應用要求不同、內鏡的結構不同，所以消息效果也就有差異。

內鏡清洗消毒工作，其中的問題首先在內鏡自身，其后就是內鏡清洗工作站。多數情況下清洗不良的器械多是因為管腔系統、屈曲部位及連接交界處難清洗，送氣送水管腔太小，無法確認管腔內部清洗效果。徹底的清洗消毒自然是非常重要的，除了各連接部位，內鏡導管套圈、內鏡注射器、乳頭切開器等附件同樣具有消毒不良問題。在實際進行內鏡自動清洗消毒機清潔前內鏡器械要進行預處理，然后才會進入內鏡清洗工作站，這是為了盡可能避免器械表面形成生物膜，內鏡表面和管道的血液、黏液如不及時擦拭清理會導致蛋白凝固堵塞孔道，影響消毒劑消毒質量，影響下一步的清洗消毒。